سمفونی مردگان داستان زندگی یك خانواده است كه در اردبیل در اواخر سلطنت رضا شاه زندگی می كنند. پدر خانواده«جابر اورخانی» مغازه آجیل و خشكبار فروشی در بازار اردبیل دارد. پسرهایش به ترتیب یوسف، اورهان و آیدین هستند كه دخترش آیدا، با آیدین دوقلوست. اورهان كه بیشتر از سایرین به پدر در اداره مغازه كمك می كند، مورد علاقه اوست و مادر آیدین را بیش از فرزندان دیگرش دوست دارد. آیدین علاقه بسیاری به درس و مطالعه دارد و اورهان بیشتر به كسب و كار علاقمند است. منزل خانواده اورهانی نزدیك پنكه سازی لرد قراردارد. با اوج گیری جنگ جهانی دوم، دولت روس به بخش های شمالی كشور از جمله آذربایجان حمله هوایی می كند و چتر باز پیاده می كند. این مسئله موجب بروز هرج و مرج در شهری می شود. آشفتگی و ناامنی و كمبود ارزاق، بویژه نان در شهر حاكم می شود. جابر دوستی دارد به نام ایاز كه پاسبان است. جابر در بیشتر امور زندگی ایاز را طرف شور و مشورت قرار می دهد. یوسف كه در این زمان یك پسر بچه است، تحت تاثیر فضای جنگی حاكم بر شهر در خانه، ادای سربازها را در می آورد مخصوصاً محو تماشای چتر بازها می شود. یك روز هم به تقلید از چتر بازها، چتر بزرگ و سیاه پدر را برمی دارد و با آن از بام خانه پرواز می كند. اما در اثر سقوط از پشت بام، یوسف به نوعی عقب افتادگی دچار می شود. قوای تكلم و شنوایی اش به مرور از بین می رود و چیزی می شود بین آدم و حیوان كه مدام می بلعد و زیرش را كثیف می كند . ایاز كه به شدت طرفدار رضا شاه است از كناره گیری او از سلطنت به نفع پسرش، به گریه می افتد و جابر را نیز به گریه می اندازد. در خانواده، اورهان و یوسف كم كم با پدر در اداره مغازه كمك می كنند، اما آیدین علاقه ای به كار آجیل فروشی ندارد.

او که بچه ای سرزنده و با هوش و درسخوان است، مدام در حال مطالعه است. پدر كه مخالف درس و مطالعه است، غالباً با بهانه گیری، آیدین را تنبیه می كند. اما آیدین دست بردار نیست. او و آیدا همدیگر را دوست دارند. آ‌یدا به مرور زمان دختر بسیار زیبایی می شود. پدر از زیبایی آیدا به وحشت می افتد. دائم از او كار می كشد و همیشه در آشپزخانه نگهش می دارد. وضع طوری می شود كه او دختركی شاد و زیبا بود، در نوجوانی تبدیل به دختری افسرده و گوشه گیر می شود و دچار بیماری ورم مفاصل می شود و هر ماه ناگزیر است آمپول پنی سیلین تزریق كند. مادر خیلی تلاش می كرد رابطه آیدین با جابر را بهبود ببخشد. اما فاصله آن دو، روز به روز از هم بیشتر می شود. بخصوص كه آیدین به سرودن شعر روی آورده بود و جابر كه قدرت درك شعر و روحیه هنر دوست آیدین را ندارد و همواره از آن می هراسد، با تنبیه بیشتر آیدین در صدد نفی و تخریب این روحیه در اوست. جابر كه خود فردی بی سواد است و از معانی و اطلاعات هنری، سیاسی و ... سر در نمی آورد، غالباً پرسش های خود را از ایاز پاسبان می پرسد. ایاز از بی سوادی جابر سوء استفاده می كند و تعابیر غلط و ناهنجار خود را به او القا می كند. یكی از این القائات تمایل آیدین به خواندن نشریات و كتابهای الحادی و كمونیستی است. از سوی دیگر اورهان هم به آیدین حسادت می كند. چرا كه او با داشتن هوش و زیبایی ، همواره شخصیتی جذاب تر و برجسته تر از اورهان داشته است. بعد از اعدام دو نفر حزبی در وسط میدان عالی قاپی، به سفارش ایاز پاسبان، سختگیری های جابر در مورد آیدین بیشتر می شود. در همین زمان فردی به نام آبادانی كه دارای یك خودرو بنز مشكی است، برای خواستگاری آیدا به منزل جابر می آید. او وصف زیبایی و نجابت آیدا را از خواهرش شنیده است. جابر به شدت با خواستگاری آبادانی مخالفت می كند. آبادانی آیدا را می بیند و به او علاقه مند می شود و بارها برای پیشنهاد ازدواج به خانه آنها می آید. سرانجام هم موفق به ازدواج با آیدا می شود. آیدا هم آبادانی را دوست دارد. شب عروسی آنها، شبی بدون شادی است. زیرا جابر كه مخالف این ازدواج است، از خانه بیرون می رود. عمو صابر، برادر جابر كه در اخلاق و رفتار تفاوت اساسی با جابر دارد، تلاش می كند به عروسی سروسامانی بدهد. بالاخره آنها چند روز بعد از ازدواج به آبادان كه محل زندگی شان است، می روند. همان روز، آقای لرد ـ مدیر كارخانه پنكه سازی ـ می میرد و كارخانه پنكه سازی تعطیل می شود و به جای آن یك شركت شیمیایی – دارویی آمریكایی، به نام بایكوت، جایگزین می شود.

آیدین بیشتر اوقات خود را نزد استاد دلخون كه استاد شعر است، می گذارند. پس از رفتن آیدا در خانه، دائم توسط پدر مرافعه برپا می شود و آیدین بیش از پیش به دنیای شعر و كتاب های استادش می چسبد. یكی از شعرهای آیدین به نام شعر سرخ، در روزنامه چاپ می شود كه با داشتن مضمون انقلابی، توجه ایاز را جلب می كند و او به تحریك بیشتر جابر جهت جلوگیری از کارهای آیدین می پردازد. در همسایگی جابر، زن بیوه ای به نام فروزان زندگی می كند كه عاشق آیدین است و برای جلب توجه او هركاری می كند. آیدا هر چند وقت یك بار به دیدن پدر و مادر خود می آید. او صاحب پسری به نام سهراب می شود. بیماری های آیدا بهبود می یابد و او تبدیل به زن جوان و شادابی می شود. استاد دلخون از دنیا می رود. آیدین، غمگین و افسرده، تصمیم می گیرد برای تحصیل به تهران برود. اما پدر كه مخالف عقیل است می گوید خرج تحصیل او را نخواهد داد. عمو صابر قبول می كند كه خرج تحصیل یكی، دو سال او را بدهد. روزی خورشید گرفتگی روی می دهد که جابر، آن را ناشی از غضب خداوند نسبت به اقدامات افرادی مثل ایدین می داند. او كه قبلا بارها كتابهای آیدین را پاره كرده بود، به زیرزمین که اتاق آیدین است، می رود و اثاث آیدین را به آتش می كشد. درنتیجه همه شعرها، كتاب ها و یادگاری ها و حتی پرونده تحصیلی آیدین در آتش می سوزد. آیدین پس از آمدن به خانه و دیدن آن منظره، با ناراحتی و ناامیدی بسیار، خانه پدری را ترك می كند. چند شب آوارگی و گرسنگی می كشد. به فروزان پناه می برد و توسط او به كارخانه یك نفر ارمنی به نام میرزاییان معرفی می شود. كارخانه در خارج از شهر در محلی به نام رام اسبی قرار دارد. آیدین همانجا هم اتاقی می گیرد. پدر كه از رفتارش پشیمان است، توسط اورهان از محل آیدین باخبر می شود. گریه ها و التماس های مادر باعث می شود آن دو به دنبال آیدین بروند. اما آیدین به آنها روی خوش نشان نمی دهد و به خانه باز نمی گردد. ایاز پاسبان از محل آیدین با خبر می شود و چند پاسبان را برای دستگیری او می فرستد. آقای میرزاییان آیدین را به خانه خود می برد. زیرزمین خانه را به او اختصاص می دهد. آیدین در همانجا  زندگی می كند و به قاب سازی روی می آورد. قاب های ساخته شده را آقای میرزاییان می فروشد . در خانه آنها مسیو سورن برادر میرزاییان و دخترش سورملینا زندگی می كنند . كم كم عشقی پنهان بین آیدین و سورملینا ایجاد می شود. با رفتن آیدین، مادر به بیماری تنگی نفس دچار می شود و مدام اشك می ریزد. حتی چند بار به كارخانه كلیسایی كه نزدیك خانه میرزاییان است سر می زند و حتی سورملینا را هم می بیند و حس می كند كه رابطه ای با آیدین دارد. چهار سال می گذرد. آیدین دوباره مصمم می شود به تهران برود. در همین زمان خبرخود سوزی آیدا را در روزنامه می خواند. آیدین به خانه پدری می رود.

مادر پیر و فرتوت شده و پدر تلخ و بدخلق و اورهان به همه امور مغازه مسلط شده است. آیدین با سورملینا ازدواج می كند. سورمه اسلام می آرود و آنها یكبار در كلیسا و یك بار هم نزد روحانی عقد می شوند.

سورمه بادار شده و دختری به دنیا می آورد. آیدین پس از مرگ آیدا بیمار می شود و سورمه تلاش می كند از تنهایی و یأس او بكاهد. پس از مدتی سورملینا هم می میرد. روح سورمه، آیدین را كه تنها و بیمار است نگاه می كند. آیدین دلمرده شده و حال و آینده را رها كرده است. مادر تصمیم می گیرد همسر دیگری برای آیدین بگیرد كه او نمی پذیرد. جابر هم پس از مدتی بیماری می میرد. مادر نگران آن است كه اورهان سهم آیدین را تصاحب كند. اورهان بعد از مرگ مادرش یوسف برادر بزرگتر را كه عقب افتاده است یك شب به بیابان خلوت می برد و او را به قتل می رساند. پس از مرگ پدر، ایاز پاسبان دوستی اش را با اورهان ادامه می دهد. اورهان با زنی به نام آذر آشنا می شود و با او ازدواج می كند. آنها بچه دار نمی شوند. اورهان مدام به آذر كه اهل خانه داری نیست، سرزنش می كند و برای بچه دار نشدن، او را می آزارد. سرانجام معلوم می شود نقص از خود اورهان است. آذر طلاق می گیرد و با مرد دیگری ازدواج می كند. بعدها اورهان او را همراه بچه اش می بیند و افسوس می خورد.

روزی توسط یك ارمنی باخبر می شود كه آیدین دختری دارد. اورهان كه نقشه داشت همه اموال پدر را غصب كند، از این خبر و اینكه دختر آیدین روزی به دنبال میراث پدرش بیاید، به وحشت می افتد او با سم آیدین را مسموم می كند. آیدین نمی میرد، اما سلامت عقل خود را از دست می دهد. اورهان، آیدین را وادار می كند با امضاء اسناد، همه چیز را به اورهان واگذار كند. آیدین كه به شاعری نیمه دیوانه تبدیل شده، در قهوه خانه ها به خواندن روزنامه و نوشیدن چای می پردازد.

سرانجام روزی آیدین سربه بیابان می گذارد و می رود. اورهان هر چه اطراف را جستجو می كند او را نمی یابد. فصل زمستان است. همه جا برف انبوهی نشسته و سرما بیداد می كند. اورهان به دنبال یافتن آیدین به خارج شهر می رود. بی آنكه بخواهد، به تاریكی شب و سرما بر می خورد و نمی تواند بازگردد. شب در اصطبلی سر می كند و در حالیكه سایه مرگ بر سر اوست، گذشته اش را مرور می كند و در آخر در شورابی غرق میشود كه هركس او را ببینید فكر میكند كسی خودش را در آب دار زده است.